Keskeinen ero: Laitoksen varsi vastaa puun lehtien, kukkien tai hedelmien tukemisesta. Toisaalta puun runko tarjoaa rakenteen koko puulle, mukaan lukien varret, lehdet, kukat ja hedelmät. Runko yhdistää myös lehdet juuriin.
Varret ja rungot ovat tavallisia sanoja, joita kuullaan kasvitieteessä. Ne ovat osa kasvia ja eroavat toisistaan, vaikka niiden vuoksi molemmat ovat osa kasvia voivat aiheuttaa sekaannusta joillekin ihmisille. Runko on koko puuta tukevan puun päärakenne. Sana varsi viittaa yleensä kasviin, kun taas runko viittaa puuhun.
Laitoksen varsi on yksi verisuonten kasvin kahdesta päärakenteesta. Varsi voidaan jakaa kahteen osaan; solmu ja sisäpiirit. Interodit ovat vastuussa silmujen tai uusien lehtien pitämisestä, kun taas internodit ovat kahden solmun välinen etäisyys. Varret on sijoitettu varren rakenteeseen ja niillä on neljä perustoimintoa.
Varret ovat vastuussa lehtien, kukkien, hedelmien ja muiden varsien tukemisesta, nesteen kuljetuksesta kasvien juurien ja muun osan välillä, säilyttämällä ravinteita ja tuottamalla uutta elävää kudosta. Tehtaalla on useita varret ja varren elinkaari on yhdestä kolmeen vuoteen. Jotkut kasvien varret kulutetaan ruokana.
Runko tai reikä viittaa puun päärakenteeseen, joka vastaa koko puun tukemisesta. Runko on vastuussa haarojen tukemisesta ja puun liittämisestä juuriin, jolloin se pääsee tarvittaviin ravintoaineisiin selviytymiseen. Runko on peitetty kuorella, joka eroaa pintarakenteeseen verrattuna varret. Se on myös peitetty renkailla, jotka auttavat määrittämään puun iän. Puun runko ei välttämättä pääse siitä ulos. Runko ja kuori ovat tärkeitä käyttötarkoituksia teollisissa sovelluksissa, kuten puussa, paperissa, huonekaluissa, rakenteissa, rakentamisessa jne.