Keskeinen ero: EEPROM on epävakaa muisti, joka on käyttäjän muokattavissa oleva muisti, jota käyttäjät voivat jatkuvasti poistaa ja ohjelmoida uudelleen soveltamalla korkeampaa kuin ulkoista tai sisäistä generoitua normaalia sähköjännitettä. FlashROM on yleinen flash-ohjelmointityökalu, jota käytetään tunnistamaan, lukemaan, tarkistamaan, poistamaan tai kirjoittamaan BIOS-siruja DIP-, PLCC-, SOIC-, TSOP- tai BGA-paketeissa.
Tietokoneiden alusta lähtien on ollut muistiin liittyviä ongelmia ja kyky tallentaa tietoja, kunnes tietokone on kytketty pois päältä tai jos jatkat tietojen säilyttämistä, vaikka tietokone olisi sammutettu. Alun perin keksityt muistisirut olivat kalliita ja ne voitiin kirjoittaa vain kerran, ennen kuin ne oli hylättävä. Tästä tuli kallis toimenpide, ja näitä pelimerkkejä käytettiin vain tietokoneiden edellyttämien ohjelmien tallentamiseen; kun taas halvemman muistin kysyntä kasvoi, kehitettiin erilaisia muistoja.
Ymmärretään ensin, mitä ROM on. Vain luku -muisti on eräänlainen haihtumaton tallennusjärjestelmä tietokoneessa. Jokaisessa tietokoneessa on tämä muisti, jossa on ohjeet tietokoneen käynnistämiseksi. ROM tallentaa kriittisiä ohjelmia, kuten ohjelmaa, joka käynnistää tietokoneen ja suorittaa diagnostiikan. ROMiin tallennettuja tietoja ei voi helposti kirjoittaa tai muokata. Tietoja ei myöskään kadota, kun tietokone on kytketty pois päältä.

EEPROMin hallitseva piirre on se, että tietoja voidaan syöttää ja poistaa järjestelmään yksi tavu kerrallaan, jolloin ohjelmoija voi hallita täysipainoisesti mitä tietoja syötetään. Tämä menetelmä kestää kuitenkin kauan, koska jokainen data syötetään ja poistetaan tavu tavu. EEPROM-järjestelmää voidaan päivittää myös korjaustiedostojen avulla, ja niitä käytetään yleensä tietokoneen BIOS-järjestelmän (Basic Input Output System) pitämiseen. Nykyaikaiset EEPROMit ovat hylänneet yhden tavun ominaisuuden ja ovat siirtyneet monitavuisten sivutoimintojen käyttämiseen; niillä on kuitenkin rajallinen käyttöikä (kuinka monta kertaa ROM voidaan ohjelmoida uudelleen). George Perlegos rakensi EEPROM-tekniikan vuonna 1978 Inteliin Intel 2816: lle.

FlashROM käyttää Flash-muistia, joka on haihtumaton muisti, jota käytetään tietokoneissa tietojen tallentamiseen. Se voidaan helposti poistaa ja ohjelmoida sähköisesti. Flash-muistia on kahdenlaisia: NAND ja NOR. Nämä nimettiin NAND- ja NOR-porttien mukaan, koska yksittäisillä flash-muistisoluilla on samanlaiset ominaisuudet kuin näillä porteilla. NAND-flash-muisti sallii muistin jakamisen lohkoihin, joissa muisti kirjoitetaan ja poistetaan lohkoissa tai sivuissa ja joka on yleensä pienempi kuin koko laite, jolloin muistin kirjoittaminen ja poistaminen on nopeampaa. NOR-tyypin muisti mahdollistaa yhden koneen sanan kirjoittamisen ja lukemisen itsenäisesti. Koska muistilohkot toimivat yhtenä lohkona poistamista varten, samalla kun sallien datan kirjoittamisen tavutasolla, salamalla on huomattava etu verrattuna EEPROMiin. Flashin katsotaan myös olevan parempi, koska se kuluttaa vähemmän virtaa, on kestävämpi ja voi selviytyä liiallisesta kuumuudesta ja paineesta.
Sekä EEPROMia että Flashia käytetään molemmissa tietokoneissa järjestelmän suunnittelusta riippuen. Flash on kuitenkin eräänlainen EEPROM, mutta se eroaa huomattavasti datan kirjoittamisesta ja poistamisesta muistista.