Tärkein ero: Levyn uudelleenjärjestäminen auttaa käyttäjiä poistamaan tarpeettomat tiedostot tietokoneesta, joka saattaa vievää tilaa kiintolevyllä. Levyn eheyttäminen on apuohjelma, jota tarjotaan Microsoft Windowsissa ja joka järjestää levyllä olevat tiedostot jatkuvan tallennustilan säilyttämiseksi.
Mitä kauemmin tietokone on käytössä, sitä hitaammin se saa. Tämä johtuu siitä, että tietokone tallentaa tiedostot tavalla, joka poikkeaa siitä, miten se tallennetaan. Tiedostot tallennetaan hajanaiseen muotoon useissa paikoissa, joten kun henkilö avaa tiedostot, jotka kiintolevyllä on etsittävä useista paikoista löytääkseen todellisen tiedoston. Nyt, vaikka ohjelmat poistetaan, jotta ne muodostavat tilaa muille ohjelmille, ne eivät puhdista itseään hyvin, jolloin bittien ja tiedostojen palat eri paikoissa. Kun aika kuluu ja tiedostot alkavat estää järjestelmän, kiintolevy ja RAM hidastuvat. Jotta tällaiset ongelmat selviytyisivät, Microsoft julkaisi kaksi ohjelmaa: Disk Cleanup ja Disk Defragmenter.
Levyn uudelleenjärjestelyyn pääsee napsauttamalla Käynnistä-painiketta ja hakukenttää, jossa asetetaan Levyn uudelleenjärjestäminen, ja sitten valitset vaihtoehdon tuloksista. Se antaa sitten luettelon kiintolevyistä, joista käyttäjä voi valita kiintolevyn, jonka hän haluaa puhdistaa. Disk Cleanup -valintaikkunassa Disk Cleanup -välilehdessä käyttäjä voi tarkistaa tiedostojen ruudut, jotka hän haluaa puhdistaa, ja voi sitten aloittaa puhdistusprosessin napsauttamalla OK.
Levyn eheyttäminen on apuohjelma, jota tarjotaan Microsoft Windowsissa ja joka järjestää levyllä olevat tiedostot jatkuvan tallennustilan säilyttämiseksi. Windows-sivusto määrittelee "levyn eheyttämisen" nimellä "prosessin, jossa yhdistetään tietokoneen kiintolevylle pirstoutuneet tiedostot." Fragmentointi tapahtuu tietokonelevyllä ajan myötä, kun käyttäjä tallentaa, muuttaa ja poistaa tiedostoja järjestelmästä. Tiedoston muutokset ja muutokset tallennetaan usein toiseen asemaan. Kun avaat tiedostoja, jotka ovat hajanaisia useissa paikoissa, järjestelmä hidastuu, kun tietokoneen on tarkasteltava monia paikkoja tiedostojen palauttamiseksi. Eheyttäjän avulla järjestelmä järjestää tiedostoja jatkuvassa järjestyksessä säästääkseen enemmän tilaa ja helpottamalla tietokoneen etsimistä tiedostoista. Se auttaa myös vähentämään tietokoneen käynnistysaikaa.
IBM PC DOS -käyttöjärjestelmä, joka toimitettiin IBM-henkilötietokoneiden mukana vuonna 1982, oli sisällyttänyt levyn volyymi-organisaation optimoijan koneiden käyttämien 5¼ tuuman levykkeiden eheyttämiseen. Tuolloin Microsoftin MS-DOS ei eheyttänyt kiintolevyjä. Eheyttäjien tarve johti siihen, että monet kolmannen osapuolen yritykset alkoivat tarjota tuotteitaan. Vaikka MS-DOS 6.0 otti käyttöön Defrag-ominaisuuden, Windows NT ei tarjonnut vastaavaa apuohjelmaa, joka edisti asiakkaita käyttämään Symantecin eheyttäjää. Oikeat Disk Defragmenter -apuohjelmat tarjottiin osana Windows 95: ää, Windows 98: a ja Windows ME: tä. Windowsin uusimmissa versioissa on usein ajoitettu eheytys, joka toimii asetetulla aikataululla, joten käyttäjän ei tarvitse manuaalisesti eheyttää järjestelmää.
Molemmat huoltoapuohjelmat ovat tehokkaita välineitä järjestelmän viiveiden vähentämiseksi ja järjestelmän mahdollistamiseksi vapauttamaan enemmän tilaa, jotta se voi toimia sujuvammin. Muista kuitenkin, että nämä apuohjelmat on ajoittain suoritettava, jotta tietokone pysyy viivästyneenä, koska ne ovat tilapäisiä ja useampia tiedostoja käynnistyy usein järjestelmässä.