Keskeinen ero: Atomit ovat perusyksiköitä, joista kaikki on tehty. Atomit ovat pieniä, leveydeltään 0, 1 - 0, 5 nanometriä. Jokaisen elementin jokainen atomi koostuu protoneista, neutroneista ja elektroneista. Eri elementtien atomit muodostavat molekyylejä. Tämä tapahtuu kemiallisen reaktion kautta. Molekyyli on pienin määrä kemiallista ainetta, joka voi olla olemassa.

Elementti on puhdas kemiallinen aine, jolla on yksi tai yksi atomiatyyppi ja joka erottaa sen atominumeron. Atomiluku johdetaan alkion ytimessä olevien protonien lukumäärästä. Yhteensä on tunnistettu 118 elementtiä, jotka on jaettu metallien, metalloidien ja ei-metallien kesken. Jokaisella elementillä on oma ominaisuus. Useimmat elementit ovat saatavilla maan päällä, kun taas muutamia on kehitetty keinotekoisesti ydinreaktioiden kautta. Elementti on jo raaka-muodossa ja sitä ei voi enää jakaa. Kaikki elementit löytyvät jaksollisesta taulukosta, joka on lueteltu atominumerolla.
Jokaisen elementin jokainen atomi koostuu protoneista, neutroneista ja elektroneista. Protonit ja neutronit muodostavat atomin ytimen ja sijaitsevat atomin keskellä. Ydintä ympäröi elektronien pilvi, joka on sidottu ydimeen sähkömagneettisella voimalla. Elektroneilla on negatiivinen varaus, joka on se, kuinka ne kiinnittyvät ytimeen, koska ytimessä olevilla protoneilla on positiivinen varaus. Neutroneilla ei kuitenkaan ole maksua.
Protonien, neutronien ja elektronien määrä atomissa määrittää, mikä elementti on. Esimerkiksi: Rauta-atomissa on 26 protonia, 30 neutronia ja 26 elektronia. Jokaisella rauta-atomilla on tämä konfiguraatio.
Eri elementtien atomit muodostavat molekyylejä. Tämä tapahtuu kemiallisen reaktion kautta. Esimerkiksi: kaksi vetyatomia ja yksi happiatomi yhdistyvät muodostamaan vesimolekyylin.

Molekyylillä voi olla hyvin erilaisia ominaisuuksia kuin ne elementit, joista se on valmistettu. Esimerkiksi: vesi käyttäytyy hyvin eri tavalla kuin happi tai vety, vaikka se koostuu kahdesta vetyatomista ja yhdestä happiatomista.
Lisäksi atomi ei voi olla luonteeltaan itsenäisesti ilman minkäänlaista sitoutumista. Emme koskaan löydä vain yhtä happiatomia tai yhtä hiiliatomia. Se on aina liitetty johonkin, kuten O2 (happi) tai CO2 (hiilidioksidi). Kun molekyyli liitetään molekyyliin, se voi olla luonteeltaan itsenäinen, minkä vuoksi voimme aina löytää hapen molekyylin, hiilidioksidin molekyylin, vesimolekyylin jne.
Molekyylissä atomit ovat juuttuneet yhteen tiettyyn muotoon tai muotoon. Tämä riippuu pääasiassa atomien tekemien joukkovelkakirjojen lukumäärästä. Atomit muodostavat molekyylejä muodostamalla kemiallisia sidoksia keskenään. Happiatomeilla on aina kaksi sidosta muiden atomien kanssa, hiiliatomeilla on aina neljä sidosta muiden atomien kanssa, ja typpiatomeissa on aina kolme sidosta muiden atomien kanssa. Tämän vuoksi tietyntyyppisellä molekyylillä on aina tietty muoto, kuten viisikulmainen, kuusikulmainen, sivusuunnassa, kaksisuuntainen jne.
Molekyylit yleensä ryhmittyvät yhteen, niiden muodostuminen riippuu niiden tilasta. Kuten esimerkiksi kaasumaisessa tilassa, molekyylit ovat yleensä vain lentäviä. Nestemäisessä tilassa molekyylit ryhmitellään löyhästi yhteen, niin että ne voivat edelleen liikkua. Koska kiinteässä tilassa molekyylit pakataan tiiviisti yhteen ja ne voivat vain värähtellä.
Molekyylit ovat yleensä molekyylikaavassa. Esimerkiksi: O2, H20, CO2, C6H12O6 (sokeri). Molekyylikaava on elementin nimi, jota seuraa sen elementin atomien lukumäärä molekyylissä.